На задней части корпуса имеются специальные разъемы для подключения внешних устройств (датчиков, аналого-цифровых преобразователей и пр.), а также устройств для печати данных и результатов расчетов. Был введен дополнительный адресуемый регистр Р9, в который записывался так называемый «код эксперимента». Код состоял из восьми цифр, с их помощью можно было указывать некоторые «настройки» программы, например, количество вводимых параметров из внешних источников или необходимость вывода результата на печать.
В комплект микрокалькулятора входит аналого-цифровой преобразователь АЦП-01, предназначенный для преобразования электрических непрерывных сигналов в электрические цифровые кодированные сигналы. По сути, с его помощью калькулятор превращался в настоящий настольный компьютер. Нередко калькулятор использовали для контроля над несложными производственными процессами.
Как и карманная версия, «Электроника МК-46» относится к первому поколению советских программируемых калькуляторов, предназначенных для инженерных расчетов. При вычислениях используется обратная польская нотация, количество шагов программы увеличено до 66. Используется язык программирования ЯМК-21 (язык машинных команд процессора, является языком самого низкого уровня). Программа для микрокалькулятора представляла собой последовательность действий оператора по вводу команд и значений (проще говоря, какие кнопки нужно нажать, чтобы получить результат).
Для отображения результатов вычисления используется восьмиразрядный вакуумно-люминесцентный индикатор.
Питание калькулятора осуществляется от сети переменного тока 220 В.
Габаритные размеры модели — 320✕200✕9 мм.
Вес калькулятора — 2,5 кг.